这件事情，还得从几个月前的八月说起。
1944年8月，东京作战总指挥部发出了一条指令给负责南洋战俘管理的指挥官,勾勒出一个被称为“囚犯的最后安置”的政策。
这份文件的一份副本就是世人皆知的“八月一日完全屠杀命令”,后来在东京被作为惩治战犯的罪证。
指令要求菲律宾、马来西亚的日军，必须依据这份指令，在自己所辖地区，清除所俘虏的盟军战俘。所谓清除，实际就是有计划的屠杀，可以是枪杀，也可以是炸弹、毒烟、毒剂、溺水或斩首等任何种手段。
对于大本营的这个命令，接到命令的南方军内部也不是特别明白原因何在，但上级既然下达了，那他们就得执行。于是菲律宾的山下奉文和马来半岛的土肥原贤二这两位驻地最高指挥官就成为最后的命令传达者和执行者。
要说二战日军所俘获的盟军战俘，也只有菲律宾投降的美军（美军+菲律宾军）和马来半岛投降的英国军队（英国人+印度人+澳大利亚）了。
在菲律宾投降日军的，美菲联军部队多达七万六千余人；在马来半岛投降日军的英联邦士兵更多吗，差不多有十四万人，其中光是英国士兵就有九万多人。
投降后的盟军士兵，在战俘营的日军当然可以随意处置，美军战俘在菲律宾的“死亡行军”，盟军士兵在泰国的“死亡铁路”等都是他们真实的写照。虽然悲惨，仍然有人坚持下来活下来了。可这一次不同，日本人要将全部战俘全部处理掉了，而命令来自国内最高层。
接到了命令，山下奉文和土肥原贤二当然得执行。好在山下奉文那边的美军战俘绝大多数早就运送到泰国，修筑泰国到缅甸的死亡铁路去了，要杀也没有几个了，但土肥原贤二就不同了，关押在马来半岛的英联邦士兵战俘，可是还有不少。
投降的英联邦战俘，有相当部分也被送去了泰国修建铁路，但十四万人的战俘，仍然有三分之一数量留在马来半岛，给日军做苦力。这三分之一的数量，也接近五万人，里面以英国和澳大利亚白人士兵居多。
土肥原贤二知道自己碰到了一个烫手山芋，熟知中国历史，知道自己已经是“年过花甲”的他，已经遇见到了日本战败的可能。现在手里要是再沾上盟军战俘的血，战后他肯定会被同盟国一方特别关照的。
其实土肥原心里也清楚，当失败的可能性增大时，大河民族所有人就会堕入疯狂，他们会倾向采取野蛮的流血行为，不管是对敌人还是自己。这一次高层的命令，正是这一疯狂现象的体现。
内心已经有了惧意的土肥原，不想亲自下达这个命令，就找来了自己的参谋长绫部橘树中将，让他去给下属传达这个命令。没有想到这位参谋长也是一个老奸巨猾的家伙，竟然要土肥原在命令上签字。不想在部下面前露怯的土肥原只能咬牙签下自己的名字，绫部橘树中将这才去下达命令。
事后被第七方面军屠杀的英联邦战俘数量有多少，土肥原贤二自己也不知道，因为执行的时间也长达一个多月，且一没有统计清点，二没有详细报告。直到英印第十四集团军在北部进行试探性进攻，还没有被处理完的战俘，才被调去修筑半岛的防御工事，这件事才算是告一段落。
菲律宾莱特岛失陷，山下奉文对外发出马尼拉不设防的通告，将部队和自己的司令部撤出了马尼拉，表面看起来似乎很人道，是在为马尼拉城里的菲律宾人考虑，其实却是迫不得已。
首先，没有海军的配合，又失去了制空权，让日军守在马尼拉城里看起来不错，其实就是在美军海空优势下送死。特别是美国人的空中飞机，随便扔下几颗炸弹，就能将守城的日军士兵埋在废墟里。
其次，通过放弃马尼拉，日军可以集中力量在其他地区，利用山地和森林进行防御和战斗，减少不必要的牺牲，保存己方有生力量。
最后一个，就是虚假宣传了，让国际上看到日军也是爱民的，也是会照顾菲律宾城市不遭受火炮毁坏而主动退出的。
不过山下奉文的这种做法，给了临近马来半岛的土肥原贤二造成了一个误会，以为前者是在给自己留后路，主动向盟军示好，加上南方军司令部又从马尼拉搬走，马来半岛又遭遇缅印盟军的猛攻，一个旅团已经完蛋，让他内心慌的一批，这才做出新加坡也不设防的愚蠢行为，结果就招来了寺内寿一的臭骂。
挨了骂的土肥原贤二，根本就不敢分辩，连忙又让参谋长对外通告第七方面军将坚守马来半岛，这才让寺内寿一停歇了怒火。
寺内寿一是不骂了，可土肥原贤二内心真的是没有底。第七方面军虽然是一个方面军，下属有第十六、二十五、二十九、三十七等四个军，看起来实力雄厚，可所有部队加起来也不过四个师团（帝汶岛的第四十八师团归第二军管辖）又八个独立混成旅团，以及十一个独立守备步兵大队的部队。
四个军，平均下来一个军只有一个师团、两个独立混成旅团和三个独立守备大队的兵力，却要防御管辖整个南洋除菲律宾之外的所有地区的岛屿，且很多岛屿上的日军部队受损严重，损失人员都没有得到补充，兵力根本没有满编。
拿驻守苏门答腊岛的第二十五军来说，只有两个独立混成旅团（25、26）的兵力，且都还龟缩在岛的南部，守在石油产地巨港周围，岛北部已经全部被棉兰抗日军占领，抗日军人数也扩大到了三万余人，且将实力渐渐向岛的中部廖内扩展。二十五军司令官田边盛武对此束手无策，毫无应对办法，手中兵力严重不足的他只能守住石油重地，其他地方只能是望“地”兴叹了。