曹爽点头道：“王司空所言不错，像荀令君这样的人物是为我大魏的建立兴起做出过大贡献的，
但荀令君这样的人在世家中是何其的少，荀令君这样的只是风毛菱角罢了，若是如今世家中能有这样的人物，朝廷自会重用之。”
曹爽顿了顿又开口道：“如今世家中更多的还是像当初司马懿这样的狼子野心之辈，这让朝廷如何能对世家之人完全放下戒心？”
当时董卓威陵天下，曹操问计于荀彧，荀彧说：“董卓残暴已经超出常理，一定会因祸乱暴毙，不会有什么作为的。”后董卓派李傕等出关东，虏略各地，至颍川、陈留而归。荀彧乡人多数死于战乱。
初平三年（192年），曹操领兖州牧，后为镇东将军。
荀彧则以司马身份随其征战。荀彧兴平元年（194年），曹操东征徐州牧陶谦，张邈、陈宫乘机在兖州反曹，暗中迎接吕布。
时荀彧和寿张令程昱守鄄城（今山东鄄城北，兖州治所），吕布到后，张邈派刘翊告诉荀彧：“吕将军来帮助曹使君进攻陶谦，应该马上供给他们军备粮食。”
众人疑惑，唯荀彧知其计，立即命令军队加强防，并急召东郡太守夏侯惇。而兖州诸城皆响应张邈，投靠吕布阵营。
当时曹操率大军出征，留守的兵力很少，而且很多人都与张邈、陈宫勾结。
夏侯惇到后，乘夜诛杀谋反者数十人，军心乃安。
豫州刺史郭贡受吕布煽动，率众数万来攻，军中甚惧。
郭贡要求见荀彧，荀彧准备前往，夏侯惇等人说：“您是一州的屏障，如果前往一定会有危险的，不可以去。”
荀彧说：“郭贡与张邈他们，平素并没有什么往来，现在来得急，计划肯定还没有定下；现在趁他计策未定来游说，就算不能帮助我们，也可以使他保持中立，如果先怀疑，那他就会恼怒而定计了。”
于是出城会见郭贡，郭贡见荀彧毫无惧意，认为鄄城易守难攻，引兵而去。
荀彧又与程昱定计，保全了范、东阿。卒全三城。不久，曹操回师濮阳击败了吕布。
兴平二年（195年）正月，曹操击败侵入定陶（今山东定陶西北）的吕布军。
五月，曹操向驻军巨野（今山东巨野东北）的吕布部将薛兰、李封发动攻击，吕布亲自援救，被曹操击败，撤退而走。曹操歼灭巨野守军，斩薛兰、李封，乘胜进驻乘氏（今山东巨野西南）。
此时，陶谦已死，曹操获悉后，打算趁机夺取徐州，再回军消灭吕布。
荀彧劝阻说：“当年汉高祖保守关中，光武帝占据河内，都是先巩固基地以控制天下，这样进可以制胜，退可以固守，所以虽有困难曲折却最终能完成大业。
将军本来是凭兖州起事，平定山东祸乱，百姓无不心悦诚服。
况且兖州跨黄河、济水，是天下要冲，现虽残破，但还可以自保，此地就是将军您的关中、河内，不得不先稳定它。
如今我们已击溃了李封、薛兰，如果分兵东击陈宫，陈宫必定不敢西顾，我们趁机组织队伍收割麦子，节约粮食，储备谷物，就可以一举打垮吕布。
然后向南联合扬州的刘繇，共讨袁术，以控制淮水、泗水一带。
如果舍弃吕布不打而东攻徐州，多留守兵则攻城不够，少留守兵就会征百姓也来守城，不能打柴拾草。
吕布乘机侵扰杀掠，民心将更恐惧，只有鄄城、范、卫三处可以保全，其余的地方都不为我们所有，这样就等于失去了兖州。
要是徐州攻不下，将军将安身于何处？何况陶谦虽死，徐州也不易攻破。
徐州已鉴于往年的失败，将会因畏惧而紧密联合，内外相应。
现东方都已收麦，必会坚壁清野以防将军；将军久攻不下，抢掠又无收获，不出十天，十万人马尚未开战自己先已困乏了。
上次讨伐徐州，实行了以暴力相惩罚，徐州子弟想到父兄被杀的耻辱，必定会誓死奋战，没有投降之心，即使能攻下徐州，还是不能占有它。
天下确实有舍这取那的事，以大换小，是可以的，以平安换危险，也是可以的；权衡一时的形势，不顾忌根基不稳固，一样是可以的。现今三者无一有利，希望将军对这种情况细细权衡。”
曹操采纳荀彧的意见，放弃进攻徐州的企图。抓紧战机，收割熟麦，储存粮秣，积蓄实力。
不久，曹操大败吕布，吕布连夜弃营撤往徐州。曹操乘胜攻取定陶城，并分别派出部队收复兖州各县，兖州遂平。此战的获胜，对曹操以后统一北方，成就大业，具有重要的意义，荀彧功不可没。
建安元年（196年）正月，荀彧与程昱共劝曹操派兵西迎天子，曹操于是令曹洪率兵西进。卫将军董承与袁术部将苌奴拒险阻挡，曹洪不得通过。二月，曹操击败黄巾军，平定颍川。
七月，汉献帝刘协在杨奉、董承等护卫下，从长安（今陕西西安西北）返回洛阳（今河南洛阳东北）。
在要不要奉迎天子建都许县的问题上，曹军内部发生了争执。多数人不同意迎接献帝，理由是徐州还未平定，韩暹、杨奉刚刚将天子迎到洛阳，往北联结张杨，暂时还不能控制他们。
荀彧则对曹操说：“从前晋文公迎周襄王返回而诸侯服从，汉高祖东征项羽，为义帝穿素服发丧而天下归心。自从天子蒙乱，将军您首先倡导义兵勤王，只是因为山东地区纷扰战乱，还不能远赴关右，但还是分派将领，冒险与朝廷通使节，虽挽救国难于朝廷之外，而心无时不系于王室，这是将军诚扶天下的一贯志向。诚因此时奉主上以从人望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。天下虽有逆节，不能为累，明矣。韩暹、杨奉怎么敢为害呢？如不及时扶正朝廷，天下将生叛离之心，以后即使考虑此事，也来不及了。”
曹操认为荀彧之言有理，遂应安集将军董承的秘密召请，亲率大军进抵洛阳，被任命为司隶校尉，奉迎献帝迁都许县（今河南许昌东）。
曹操被封为大将军、武平侯，荀彧也升为汉侍中，守尚书令。此造成曹操奉天子以令诸侯的战略优势，并为其此后统一战争（参见曹操统一北方的战争）的顺利实施，奠定了基础。