法国人的造船设备和技术人员到位后，裴荫森加紧施工，工人们昼夜不停地工作，所有的设备都进入了相应的车间，开始了紧张的调试工作，船坞的旁边都竖起了高高的巨型起重架，又经过了几个月的艰苦努力，一切准备就绪后，在一个风和日丽的日子里，裴荫森亲手为新战舰安放了第一块龙骨，配套的各种肋骨开始在法国技师的指导下拗制，同时轮机部件也先后开模铸造。中国人自己建造第一艘战列舰的工程，就这么悄悄的开始了。
由于担心自制战列舰的消息传出去会引起列强的不安和猜忌，孙纲对一切工作都刻意地保持了低调，开工仪式上甚至都没有露头！工程一开始，他就加强了防卫工作，甚至要求直隶总督丁汝昌，盛京将军增祺和山东巡抚李秉衡在境内实施“新闻检查”，封锁北洋造船厂的消息，严禁外传！
在给光绪皇帝的折子里，他向皇帝解释了自己这么做的苦心，“彼不欲我海军之兴，而我自制巨舰，彼深所忌之也，难保不趁我巨舰未成之时犯我，我宜深藏不露为要，待我巨舰入列，彼知之亦无可奈何矣，唯需我皇上隐忍一时，以图后兴。”
大概是光绪皇帝明白了他的心意，折子被“留中”了，没有任何说明和批复。
但是朝廷里的一些变动还是让他感觉有些不安。
这其实也是他无意中的一个举动造成的。
自从法国人帮助北洋建立造船厂后，答应的军事援助也到了，法国政府向中国派出了几个海军军官，到中国来帮助训练海军，但南洋，福建方面都不太欢迎法国人来（刘步蟾在北洋舰队时就和外国军官关系紧张，林国祥是参加过马尾海战的，对法国人敌意更大），最后只有广东舰队留下了一人，其他的都到北洋来了，为了融洽外国军官们的关系，林泰曾上奏朝廷，请求给北洋水师所有的外国军官以正式的官职，以便他们能够全心全意在中国海军中服务，结果却被朝廷以“权操于我手为上”驳了。
孙纲知道后也能明白朝廷的意思，是怕外国军官一旦控制了中国海军，将来发生战争，很难保证这些外国人的立场，朝廷这么做也不能说错了，但是，问题的关键不仅仅在这一个方面，中国作为一个落后于西方的国家，在向近代化转化的艰难征途上，如何一面进行反控制的斗争，一面又努力汲取西方的先进技术和管理方法，始终是一个更为重要而又长期没有很好解决的课题。上次在香港发生的刘步蟾借“撤旗事件”逼走琅威理的举动虽然表明了中国方面“权操于我”的正确立场，但也带来了很多不利的影响。毕竟，是在琅威理任职期间，北洋海军的训练水平达到了顶峰，琅威理去职后，北洋海军的战斗力下降了许多，这是不争的事实，任中国海关税务司的英国人赫德后来就曾经幸灾乐祸的对金登干说过，“琅威理走后，中国人自己把海军搞得一团糟。琅威理在中国的时候，中国人也没有能好好的利用他。”大东沟海战中，北洋舰队战术呆板，在战舰普遍航速低于日本联合舰队的情况下竟然企图采用里萨海战中奥地利人的冲击乱战战术，而又没能很好的协调，就不能不说是一个很大的错误（虽然这个错误被日本人犯的更大错误所弥补），所以说，琅威理的去职也是中国近代海军发展史上的一个惨痛教训。
作为对比，日本人就精明多了。日本海军也是英国人一手训练起来的。英国皇家海军的英格斯上校为日本海军的建设做出了很大贡献。据英格斯本人回忆说，他在日本服役时，日本政府曾封赠他以贵族，使他能有足够的权力和地位，以与日本的高级将领接触。日本海军从英国人的教育中得到极大的好处。当他们认为有理由独立行走时，欧洲军官便体面地告退。而日本人“坚持走着他们在英国的指导下踏上的道路，他们不仅使舰队保持着英格斯离开时的面貌，而且更趋完善了。”
孙纲不想让北洋海军再犯同样的错误，他和林泰曾仔细商量了一下后，决定这回由他这个“帮办北洋军务”的船政大臣为这些外国军官们的待遇问题上折子，再和朝廷玩一回“曲线救国”的把戏。因为，和传统中国近代史书籍中那些欺骗甚至于欺负中国人的洋人不同，北洋舰队中的外籍雇员群体表现出了高度的敬业和勇敢精神，对中国海军显示出了极大的忠诚。在大东沟海战中，好多洋员都在战斗中表现得极为英勇，“致远”舰管轮英国人余锡尔与舰同沉；“定远”舰主炮台被击中起火，英国顾问尼格路士救火时被弹片击中，他知道自己伤重难治，坚持不愿意离开身边的战友去包扎伤口，最后壮烈牺牲；对这些为了保卫中国海疆而英勇战死的外国友人，孙纲一直都很景仰，在他的心中，他们和后世来帮助中国的白求恩大夫一样伟大。
他在折子里是这样说的，“大东沟一役，各舰洋员皆为客卿，尚能忠于所事，深明大义，不惜身命，奋勇争先，为中国效死。若能授之以官，感之以诚，何愁不为中国所用？”为了不让朝廷担心外国军官掌握中国军权，他建议成立类似德国的“参谋本部”一样的机构，“使彼皆为我之参谋。平日教练兵将，战时为提督谋划，彼之责也；调兵遣将，升降赏罚，我之权也，权责分立，各展所长，权操于我，不致临变而生掣肘。”这样一来，就不用担心军权为外国军官所控制了，又能向他们学习，应该是一个两全齐美的办法。
果然，折子上去后不久，朝廷就同意了，说“其法甚善”，同意分别给予在北洋海军中服务的外国人以官职，并允许北洋舰队成立了“北洋海军参谋处”。让孙纲很是高兴。
他也许没想到，这个不经意的举措会给中国的军事制度带来怎样深刻的变革。
现在，就因为他这个折子，大清陆军也发生了一系列意想不到的变化。
原来，当初德国政府迫于英国的压力拒绝卖给中国战列舰的消息传出去后，在德国内部引发了剧烈的争论，很多人认为这么做不仅损害了德国造船工业的利益，也降低了德国的国际地位，当德国政府知道法国可能在暗中帮助中国海军以谋求在远东的更多利益时，德国人也立刻开始行动了，李鸿章正在向德国克虏伯公司订购炮械，准备装备新式陆军，德国人立刻表示愿意帮助中国训练陆军，鉴于朝鲜局势稳定，李鸿章奏请朝廷批准后，将聂士成等淮军各部调回天津，准备集中整训，但翁师傅暗指李鸿章“拥兵自重”那番话还是在光绪皇帝和慈禧太后那里起了不小的“作用”，慈禧太后随即就做出了重大的人事变动，一是以荣禄补授步军统领（步军统领的全称是提督九门步军巡捕五营统领，下属八旗步兵营三万余人，主要负责京师的卫戍，警备，治安工作，由绿营组成的巡捕五营万余人，分别防守外城及京郊地区），二是成立“全国督办军务处”，以恭亲王奕为督办，庆亲王奕诓为帮办，李鸿章，荣禄，翁同龢，李鸿藻，长麟为会办，这个督办军务处权力极大，“所有各路统兵大员，均归节制，如有不遵号令者，即军法从事”，可以说将全国的军事指挥权全部集中到了一起，在孙纲看来，这很可能是光绪皇帝上次调动北洋海军前往日本的举动让慈禧很不放心，这个“督办军务处”应该就是皇帝上次没有“请示”的“副作用”。
不过这样一来，全国海陆军权集于中央，倒也有一定的好处，对内避免了地方可能发生的军事割据，对外一旦爆发战争，可以进行全国动员的“总体战”，不会再出现甲午一役，李鸿章说的“以北洋一隅之力，搏倭人全国之师”的局面。
另外，参照孙纲的建议同时成立的“参赞军务处”，由外国军官团和少数通晓西方军事的中国官员组成，为“全国督办军务处”出谋划策，并负责军队日常训练，给孙纲一种是不是后世那种美国的“参谋长联席会议”的错觉。
不过，这个全国军事最高指挥机关还是以满人为多数。而从后世穿越来的，对什么“满汉之分”根本就没有概念的孙纲来说，没有引起他足够的重视。
这个“不重视”的后果，等他发现的时候，事态已经不受他控制了。
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